Der letzte Kampf von Kenshin Himura (Takeru Satô) gegen den verbrannten und bandagierten Makoto Shishio (Tatsuya Fujiwara) und seiner Elitekampfgruppe Juppongatana steht nun kurz bevor. Eigentlich wollte Kenshin sein Schwert nie wieder erheben, aber nachdem er erfahren hat, dass die Mitglieder der Juppongatana die Segel ihres eisernen Schiffes gesetzt haben und sich auf dem Weg nach Japan befinden, um die Meiji-Regierung zu Fall zu bringen und das Land ins Chaos zu stürzen, musste er sein eigenes Versprechen brechen und wieder zu seinem Schwert greifen. Um aber eine Chance im Kampf zu haben, trainiert Kenshin mit seinem alten Meister. Er will die finale Technik von ihm erlernen.