Suzume Iwato (suara Nanoka Hara) gadis berusia 17 tahun, tinggal di daerah Miyazaki, Kyushu, sebuah kota pantai yang tenang di Jepang. Dalam perjalanannya ke sekolah, ia bertemu seorang pemuda bernama Sōta Munakata (suara Hokuto Matsumura), yang sedang berkeliling mencari bangunan terbengkalai yang memiliki pintu. Suzume lalu mendapatkan penglihatan dan menemukan sebuah pintu tua yang berdiri tegak di antara reruntuhan. Pintu misterius tersebut membawanya ke dalam sebuah petualangan dan misi tak terduga untuk membantu pemuda tersebut mencegah bencana alam yang mengancam Jepang.