平和の谷を守っていたマスター・ファイブと、龍の戦士のポー。ある日、村にポーの父親であるパンダ、リーが現れる。パンダは全滅しておらず、秘密のパンダ村に避難して暮らしているのだった。その頃、「魂の王国」でウーグウェイ導師の気を吸い取り「肉体の王国」によみがえったカイは、中国のマスターたちの気を次々吸い取っていた。シーフー老師が調べると、それに勝てるには気功を習得するしかない。かつては、パンダたちが気功を操っていたことがわかり、ポーは気功を習得するためにリーとパンダ村へ向かうが、そこにもカイの魔の手が迫っていた。