タートルズの宿敵シュレッダーは、マッドサイエンティストのバクスター・ストックマン博士と、マヌケな子分ビーバップとロックステディの協力で脱獄を果たし、再びＮＹを恐怖に陥れようとする。タートルズたちはＴＶレポーターのエイプリル・オニール、そして新たな仲間、ホッケーマスクをかぶったＮＹ市警のケイシー・ジョーンズらとともに悪事を阻止しようとするが、彼らの前に立ちはだかるのはイノシシとサイのミュータントに変貌したビーバップ＆ロックステディだった。