全世界で3300万部の売り上げを突破し社会現象となった、今世紀最大の傑作ミステリー最終章！宿敵ザラチェンコと対決したリスベットは、瀕死の重傷を負い病院に運ばれた。ソ連のスパイだったザラチェンコの亡命を受け入れた政府の秘密組織＜特別分析班＞は、事件を通じて自分たちの存在が明るみに出るのを恐れ、関係者全員の抹殺をはじめる。その標的には、リスベットも入っていた。ミカエルは仲間を集め、彼女を救うべく陰謀に立ち向かう。