時は20年前。ジーン・グレイは、プロフェッサーXに底知れない能力を見出され、それを操るべく「恵まれし者の学園」に彼女の居場所を与えた。 その10年後、とある大企業の社長の息子が思春期を迎え背中に翼が生え始めた。社長、ワージントンは、息子を普通の人間に戻そうとミュータント治療薬「キュア」を作り上げた。果たしてミュータントであることは病気なのか。ミュータント達の蟠りとマグニートーの作為が人類とミュータントの戦争を起こそうとしていた。