江戸末期。宇宙からやって来た天人（あまんと）の台頭と廃刀令により、侍は衰退の一途をたどっていた。かつては攘夷志士として天人と最後まで戦い、“白夜叉”と恐れられた銀時もかぶき町の便利屋“万事屋銀ちゃん”をのんきに営む毎日。そんな彼のもとに、かつての同志だった桂が消息不明になり、高杉が挙兵して幕府の転覆をたくらんでいるという情報が。銀時は万事屋メンバーの新八や神楽とともに事態の調査に乗り出す。