立方体“CUBE”型の密室に仕掛けられた殺人トラップの恐怖が若者たちを襲うという斬新な設定で人気を博したホラー・シリーズの第3弾。今回は第1作「CUBE」以前へとさかのぼり、CUBE誕生に秘められた数々の謎が明かされていく。鋼鉄でできた立方体の密室で一人の男が目覚める。次の部屋へ入り込んだ男は、ノズルから噴き出した液体を浴び絶命した。その一部始終をモニタ越しに眺めていたCUBEの職員ウィンとドッド。職務に忠実なドッドに対し、ウィンは被験者の一人である若い女性レインズに特別な関心を寄せていた…。