Em plena Guerra Fria, Indiana Jones escapa por um triz no deserto a uma emboscada dos soviéticos. Mas quando regressa finalmente a casa e à universidade, percebe que por aí as coisas vão de mal a pior. As suas actividades paralelas lançaram fortes suspeitas sobre si e o Governo está a pressionar a universidade para que despeça o professor. Ao sair da cidade, Indiana conhece Mutt que lhe faz uma proposta irrecusável: partir à descoberta de um lendário objecto, fonte de fascínio, superstição e medo nas últimas décadas - a Caveira de Cristal de Akator. Mas Indy e Mutt rapidamente percebem que não estão sozinhos nesta busca. Também os soviéticos estão no encalço do mítico tesouro.