Em Guerra, César e os seus companheiros são forçados a entrar em confronto mortal com um exército de seres humanos liderados por um Coronel implacável. Depois de sofrer perdas inimagináveis, César luta com seus instintos mais obscuros e entra numa missão para vingar a sua espécie. À medida que a viagem chega ao fim, César e o Coronel confrontam-se numa batalha épica que determinará o destino das suas espécies e do futuro do planeta.