A história de Suzume, uma garota japonesa de 17 anos, que conhece um jovem que procura uma "porta". Os dois viajam e encontram a porta dentro de umas ruínas numa montanha, cercada por água a sua volta, como se tivesse ocorrido algum desastre e ela era o único objeto que restava. Suzume abre a referida porta, e então, as "Portas do Desastre" abrem-se umas a seguir as outras por todo o Japão, trazendo desastres intermináveis.