世界上存在一个名为MIB的秘密组织，负责管理美国境内的外星难民，保持地球“中立”。MIB的探员并没有任何确实的身份存在，其组织亦不受政府的干扰。组织的资金收入来自他们从外星人手中没收获得的技术所产生的专利，例如是微波炉、魔术贴跟吸脂术。新来的探员会有一个新的身份，且原有的身份资料都会被消除。而离职时有关MIB活动的记忆都会被消除，他们暗中保护着地球免受威胁…