克隆人战争进入到第三年，绝地武士团率领的共和国军团与独立星系邦联陷入了一场席卷整个银河的苦战。恐怖的分离势力机器人军官格里弗斯将军奇袭共和国首都，绑架了最高议长帕尔帕廷。就在分离势力舰队企图带着人质逃离科洛桑时，绝地欧比旺·克诺比（伊万·麦克格雷格 饰）和安纳金·天行者（海登·克里斯滕森 饰）登上分离势力的旗舰“无形之手”号，展开了营救行动。纳金杀死杜库伯爵救出帕尔帕庭，但格非特将军逃匿。安纳金梦见妻子阿米达拉（娜塔丽·波特曼 饰）将死于难产，困惑中求助于帕尔帕庭，后者趁此机会离间安纳金与绝地长老院。随着安纳金向帕尔帕庭的靠拢，一场针对绝地武士与其所捍卫之民主的阴谋逐渐展开。