某一年暑假, 启人独自上路往冲绳探望表哥蒲添海, 两表兄弟碰巧遇见一位被数码兽追赶的少女，在千钧一发之际，蒲添海与基尔兽拯救了这名少女——上原美波，上原有一部手提电脑，在电脑内有其父亲发明的电子宠物软件，两表兄弟在这电脑内看见了一只石狮兽，原来这只数码兽是上原父亲发明来保护上原的。地球上出现了一班邪恶数码兽袭击人类的电脑系统，令到整个地球陷入一片恐慌之中，启人遇到了留姬和建良，他们又……