影片将背景设在60年代古巴导弹危机发生时，讲述在变种人未被世人所知的时候，Charles Xavier和Erik Lensherr还没有被人称作“X教授”和“万磁王”。他们只是变种人中最早发现自己超能力的两个年轻人。他们那时也不是对手，而是非常亲密的朋友。两人以及其他几个变种人在一起工作，试图阻止“末日”的到来。但在这个过程中，两人之间出现了裂缝，最终，在万磁王的兄弟会与X教授率领的X战警之间，一场永恒之战开始了。