かつて世界を破滅寸前まで追い込めた魔物・魍魎は、かつてその力を借りて大陸を蹂躙した黄泉によって封印から解放され、暗黒忍術によって黄泉の体内に魂を移植された。復活した魍魎率いる幽霊軍団の襲撃を前に、ナルト・サクラ・ネジ・リーの4人は、火影である綱手の命を受けて、この世で唯一魍魎を封印する力を持つことから魍魎に命を狙われる鬼の国の巫女・紫苑の護衛に当たる。