雲隠れの里の長である雷影暗殺未遂と、霧隠れと岩隠れの上忍を殺害した罪に問われたナルトは、ブラッド・プリズンといわれる罪人収監所・鬼灯城（ほおずきじょう）に投獄される。城の主「無為（むい）」が操る最強の禁固術により力を奪われるこの場所で、何者かに命を狙われるナルト。無実を証明すべく、事件の真相を追うナルトと仲間たちの戦いが始まる。